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质控图最新娱乐体验_质控图和质控规则(2024年11月深度解析)

内容来源：莱茵河北极图库所属栏目：话题更新日期：2024-11-27

质控图

超绝周一[拜拜]我在看质控图。病人：这个医生怎么上班时间炒股；我：[费解][费解][费解]这辈子没这么无语过[衰]

单细胞测序中那些你一定会遇到的亚群在单细胞测序的世界里，有些亚群是你不论如何都会遇到的。比如，当你用FindAllMarker找出差异基因时，可能会发现这些基因全是线粒体和核糖体相关的。而其他亚群的marker则略微表达一点，让你完全不知道如何注释这个亚群。这时候，有经验的朋友可能会怀疑是不是质控设定得太宽松了。一查发现，10X平台每个样本产生的有效细胞数一般小于10000个，而你自己的样本也完全没超过这个数。再检查每个亚群的nFeature_RNA计数，猛然发现某个亚群的计数格外低，甚至不到500，而其他亚群都在2000以上。那么，是不是按nFeature_RNA过滤一下就行了呢？这时你突然发现右侧有个更低nFeature_RNA的亚群，定睛一看，S100A8/A9，中性粒细胞妥妥跑不掉了。按nFeature_RNA过滤，这个亚群可能先被过滤掉了。于是，你咬咬牙，决定不做中性粒细胞，直接过滤掉。但很快你就发现，这个亚群随着过滤条件的不断提高并没有消失，而是编号不断向后移动，数量越来越少但还是倔强地停留在tsne图的正中央。这时，你灵机一动，想到既然FindAllMarker发现的差异基因全是线粒体和核糖体，那我直接删掉这些基因不就好了吗？但这时你又犹豫了，这么做的依据是什么？有论文这样做过了吗？审稿人问起来怎么办？真的严谨吗？然后你点开张泽民团队的Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity。哦，他们删了。这下你吃了定心丸，什么血红蛋白、线粒体、核糖体、组蛋白基因，我都删删删删删。其实，从fastq文件复现过别人文章的朋友们不难发现，这类亚群在绝大部分文章里都存在。只是绝大部分研究都认为是没有生物学意义的亚群，会偷偷删掉整个亚群或者过滤到只占很小比例后放到一个角落不予命名。这类线粒体或者核糖体亚群偏好性亚群为什么存在目前尚无定论，有人认为是测序中的低质量细胞，有人认为是消化诱导的应激反应，有人认为是扩增时对核糖体基因的偏好。如果它不在你的主线故事里，删掉亚群或者删掉基因再做分析均可。但这又带来了一个新的问题，删掉亚群后降维图中间会有空缺，删基因的话会对从归一化后的所有步骤产生影响。所以到底应该在哪一步删，我们以后再说。

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